如前所述，根据小队编成方法的不同可使用的AI指令也会改变，因此为拥有各自特点的小队配备合适的武器就显得尤为重要，譬如可为攻击型小队配备“镭射枪”、“高达铁锤”等高攻击力武器，为防守型小队配备高防武装等。
本作有所谓“护卫”系统，玩家能在选择一个单位之后在其周边配置护卫。护卫能随着主单位的移动而自动移动，并不需单独为其发放命令，十分便捷。此外，在以小队形式作为护卫的情况下，一旦进入局地战，该护卫就能作为支援而进行间接攻击。因此，如合理利用，护卫系统也能成为左右战局的关键。
游戏第一关会自动配备一部原型高达，这在直到能量产高达之前是一大宝贵战力，如果不幸被消灭了就再也没有的了。
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